如果不了解珍珠形成的完整故事，很容易說養殖珍珠就是天然珍珠。 即使這兩種類型的珍珠涉及到珍珠層的形成，它們實際上是完全不同的。

養殖珍珠和天然珍珠的主要區別在於它們的形成方式。

養殖珍珠是由人類干預而生成的寶石。這是通過將一個被稱為「珍珠核」又小又圓形物體插入貝殼體內，然後用一種名叫「珍珠層」的碳酸鈣物質包裹，然後形成珍珠。經過一段時間（由養殖 6個月開始，取決於珍珠的類型和珍珠養殖者），珍珠被收成。

另一方面，天然珍珠是在沒有人類干預的情況下形成的。它們主要是因為外內入侵物，如一小塊沙子或微小的海洋動物，進入貝類動物的外殼，貝類動物分泌珍珠層來覆蓋外內入侵物。隨着時間的推移，這個過程導致了天然珍珠的形成。

另一個區別是，天然珍珠比養殖珍珠更罕見。天然珍珠存在於一小部分野生貝殼類動物體內，而且非常難以找到。 它們大多是在偶然情況下被發現的。 它們可能非常有價值，被認為是奢侈品或收藏家的物品。 另一方面，養殖珍珠現在更易獲得，而且大小和形狀上更為一致。

天然珍珠和養殖珍珠都經歷了一個類似的形成過程。 養殖珍珠需要類似於「體外受精」或「試管嬰兒」的過程。 天然珍珠將完全由大自然全權處理形成過程。

現在，我們在普遍珍珠市場上看到的珍珠有９９％都是養殖珍珠。 在這個世界上，只有極少數的珍珠專家會攜帶和銷售天然珍珠。